Die Isar und ihre Nebenflüsse sind hinsichtlich Ab-/Umleitungen eines der komplexesten Systeme - vielleicht ganz Europas.
Schon im Oberlauf wird die Isar fast ihres gesamten Wassers beraubt, das erst über die Loisach zurückgegeben wird. Den weiteren Verlauf bestimmt ebenfalls die Energieerzeugung mit fast durchgängig parallel laufenden Werkkanälen. Auch die Amper muß ein Stück vor der Mündung auf fast alles Wasser verzichten, welches über ein kurzes Stück "Natur-" Isar weiter in den Mittlere-Isar-Kanal geleitet wird.

Zahlreiche jahreszeitlich abhängige Mindestwassermengen und die maximale Kapazität der Kanäle bestimmen, was dem Kanuten zum Befahren übrigbleibt. Deshalb gibt es für die Beurteilung der Wassermengen bei den einzelnen Flußkarten und jeweils unter Menüpunkt "Pegel" detaillierte Hinweise.
Ein tiefergehendes Verständnis der Zusammenhänge bietet diese Grafik. Allerdings ist diese von 2010, die Zahlen also teilweise nicht mehr aktuell.